按常政办发〔2001〕47号文件规定，2001年11月，机构改革后，市审计局设9个职能科（室）：下辖由市审计局管理的具有行政职能的事业单位——常德市审计局派出机构审计室（正科级）。
（一）办公室
负责处理局机关日常政务；负责有关重要会议的组织和有关报告、文件以及审计机关管理制度的起草；负责局务会、局长办公会的会务、记录和会议纪要的整理工作；编制审计工作规划、年度工作计划；负责指导全市审计统计工作；负责宣传、信息、新闻发布和机关文电处理、保密、信访、档案管理等工作；负责编写《审计要情》及《大事记》；负责局机关的财务工作，管理审计事业经费；负责办理市政府交办的市人大代表的建议案和政协委员提案。
（二）人事教育科（监察室与其合署办公）
负责办理局机关及其直属单位的机构编制、干部任免、人员调配、工资福利、考核奖惩、教育培训、专业技术职称考评和人事档案管理等有关工作；协助区县（市）管理本级审计机关负责人；组织、指导全市审计系统教育培训和精神文明建设；负责局党组会、民主生活会的会务、记录和会议纪要的整理工作；负责局机关党务、纪检、监察、群团、老干工作；负责指导区县（市）审计机关的廉洁从审工作；负责与民主党派的联系以及聘请特约审计监督员工作。
（三）法制科（加挂内审指导科牌子）
负责地方性审计规范性文件的起草及修改和报批工作，办理市政府和省审计厅行政法规，规章草案征求意见方面的工作；组织对区县（市）审计机关的审计业务质量监督检查和审计执法检查；审核与复核局机关业务科（室）的审计意见书、审计决定书、审计处罚决定书、审计建议书，并负责办理审计查出的大案要案向纪检（监察）和司法机关移送的有关工作；受理审计行政复议和应诉，指导全市审计机关的行政复议和应诉工作；对局机关审计业务质量进行抽查；指导对内部审计监督；监督社会审计组织的审计业务质量；受理审计业务举报；组织实施审计普法教育；指导全市审计系统的法制工作。
（四）财政金融审计科
拟定市本级财政预算执行情况的审计总体方案，汇总审计结果；负责对市本级财政预算执行情况和市地方税务局系统税收征管情况以及预算外资金进行审计；负责对各区县（市）政府的财政预算执行情况和决算进行审计；负责审计市财政局、市地税局机关及其直属单位的财务收支状况；按照上级审计机关的授权，组织全市审计机关完成对国有金融机构的审计任务；负责审计地方金融机构及其直属单位的资产、负债、损益状况；对有关部门批准发行的证券、社会募集资金按分工范围进行审计监督；组织财税系统行业审计或专项审计调查，指导全市的财政金融审计业务。
（五）行政事业与社会保障审计科
负责审计市委办、市人大办、市政府办、市政协办及其下属单位的财务收支；负责审计市直党群、政法、计划、文教、卫生机关及其下属单位的财政财务收支；负责审计由市政府工作机构管理和受市政府委托由社会团体管理的养老、医疗、工伤、失业、房改等社会保障基金的财务收支以及各项社会福利、救灾救济、优抚安置和社会捐赠资金的管理使用情况；负责审计区县（市）政府管理的社会保障资金的筹集、管理、使用情况；组织专项审计或审计调查；指导全市的行政事业审计和社会保障审计业务。
（六）经济贸易与外资运用审计科
负责对市属国有企业或国有控股的工交、商粮贸企业及其下属单位的资产、负债、损益及财务收支的审计监督；按照上级审计机关的授权，组织全市审计机关完成国际组织和外国政府贷款、援助和赠款项目的财务收支审计任务；组织对境外机构、企业和投资项目的审计监督以及审计监督在常的中央和省属企业的财务收支；组织专项审计或审计调查，指导全市经贸和外资运用审计业务。
（七）农业与资源环保审计科
负责审计农林水利、资源环保等部门的财务收支；负责审计农林水利建设、农业综合开发、扶贫、移民、防汛抗灾、资源环保等专项资金的筹集、管理和使用情况，负责审计监督区县（市）政府管理的农林水利、扶贫开发、移民、资源环保资金的筹集、管理和使用情况；组织专项审计或审计调查，指导全市农业与资源环保审计业务。
（八）固定资产投资审计科
负责审计市建设部门及下属单位的财务收支；对市属建设项目的概预算执行、决算以及资金来源和资金使用情况进行审计监督；负责审计市直各部门管理的基建投资项目；根据上级审计部门的有关规定，对中央、省属在常单位的基建项目进行专项审计；组织固定资产投资的专项审计或审计调查，指导全市固定资产投资审计业务。
（九）经济责任审计室
参与制定全市党政领导干部任期经济责任审计方案、计划，建立审计台帐，搞好综合协调；受市委、市政府委托，负责对市直党政机关、审判机关、检察机关和群众团体主要负责人的任期经济责任审计；负责市直事业单位、国有企业及国有控股企业法人的任期经济责任审计；负责对区县（市）委书记、区县（市）长的任期经济责任审计；指导和协调全市党政领导干部任期经济责任审计业务。
按有关规定另设置驻市审计局纪检组，驻市审计局监察室。
（十）常德市审计局派出机构审计室
具有行政职能的正科级事业单位，由市审计局管理。主要职责为：负责对德山经济开发区、柳叶湖度假区、西湖管理区、西洞庭管理区区域内的财政财务收支进行审计监督；负责对四区管理的党政主要领导干部和企事业单位主要负责人的任期经济责任审计工作；组织区内的行业审计、专项审计调查和实施对区内部审计机构的指导与监督。
